Silvana Panciera rappelle que « le mouvement béguinal va être considéré comme suspect », et ceci dès le XIIIe (autour des années 1230). Une des béguines à avoir été condamnée au bûcher fut Marguerite Porete, originaire de Valenciennes, jugée hérétique à cause des thèses développées dans son ouvrage Le Miroir des âmes simples et anéanties d’amour. Elle fut la première d’une longue lignée de béguines persécutées au XIVe siècle : l’Inquisition les spolia ainsi de leurs biens, comme il avait été fait avec les Templiers au début du XIVe siècle. Silvana Panciera indique que beaucoup de béguinages sont convertis en petits couvents, par exemple augustiniens, au XVe siècle. Aujourd’hui, il n’existe plus de béguines, même si les béguinages ont persisté en Belgique jusqu’au XXe siècle (en nombre très restreint).
Pourquoi cette persécution ? Etait-ce liée à la liberté de ces femmes ? Menaçaient-elles l’ordre social établi ? Silvana Panciera met en avant que c’est la conception de la nature humaine, selon laquelle « l’extrême sainteté » peut être trouvée dans cette vie. Il n’est en effet jamais question, dans les procès d’Inquisition, du fait que ces béguines soient des femmes. Ainsi, le livre de Marguerite Porete fut jugé par des théologiens de la Sorbonne sans qu’il leur soit précisé qu’il était l’oeuvre d’une femme. Il ne me semble donc pas que le sexe des béguines soit en cause dans leur condamnation.
En revanche, en tant qu’elles étaient à la fois dissidentes de l’Eglise et qu’elles acquéraient un pouvoir spirituel sur des sujets royaux ou de seigneurs, elles constituaient une menace à la fois pour le pouvoir temporel et spirituel. Rois, seigneurs et Papauté avaient donc tout intérêt à s’associer pour les faire rentrer dans le rang.